Pemantauan genetik

Pemantauan genetik adalah penggunaan pernyataan fenotipe (misalnya warna bulu dan morfologi kerangka)^[1] atau penanda genetik (genetic marker) seperti mitokondria, MtDNA, alozim,mikrosatelit, dan SNP (single-nucleotide polymorphism) untuk mengetahui tingkat kemurnian genom serta perubahan antropogenik pada populasi alami. Metode pengambilan sampel yang digunakan dalam pemantauan genetik adalah metode MIS (minimally invasive sampling).^[2] Pemantauan genetik berperan dalam pendataan perubahan populasi dan keanekaragaman spesies maupun individu. Dalam penelitian, pemantauan genetik digunakan dalam mempersiapkan produksi model penelitian dan pemeliharaan koloni.

Kategori

Untuk memudahkan, pemantauan genetik dibagi menjadi dua kategori:

Kategori I identifikasi penanda genetik untuk pemantauan populasi tradisional

Merupakan penggunaan penanda genetik untuk pemantauan populasi tradisional melalui identifikasi individu, spesies, dan populasi.^[3] Dibagi kembali menjadi kategori Ia untuk mengidentifikasi setiap individu dan kategori Ib untuk mengidentifikasi spesies dan tingkat taksonomi yang lebih tinggi.

Kategori Ia menggunakan penanda genetik mikrosatelit dan SNP (single-nucleotide polymorphism). Digunakan dalam (i) penghitungan kelimpahan populasi terutama pada spesies langka dan dilindungi (misalnya Petrogale penicillata^[4] dan Ursus arctos horribilis) dan (ii) vital rates, seperti laju kehidupan (survival rate).

Petrogale penicillata — Brush-tailed Rock-wallaby
Ursus arctos horribilis

Kategori Ib menggunakan identifikasi MtDNA, alozim, mikrosatelit, dan SNP (single-nucleotide polymorphism). Contoh penggunaan kategori ini adalah dalam mengetahui (i) perubahan jangkauan geografis dan efeknya pada spesies, (ii) persilangan (misalnya persilangan Lynx rufus dengan Lynx canadensis^[5] dan Strix occidentalisdengan Strix varia^[6]), serta (iii) mengidentifikasi penularan dan prevalensi parasit dan organisme patogen lainnya.

Kategori II parameter populasi genetik

Merupakan penggunaan penanda genetik (MtDNA, alozim, mikrosatelit, dan SNP) untuk memantau parameter genetik populasi. Contoh penggunaan kategori II adalah untuk mengetahui (i) variasi genetik, (ii) demografi populasi di alam liar maupun di penangkaran untuk mengetahui status konservasi, (iii) analisis proporsi individu dalam populasi campuran (mixed-stock), (iv) melihat aliran gen, (v) identifikasi ukuran populasi efektif (misal pada Salmo trutta^[7]), serta (vi) analisis stuktur populasi dan migrasi.

Salmo trutta

Referensi

^ "Genetic Monitoring". www.dar.emory.edu. Diakses tanggal 2021-09-08.
^ Carroll, Emma L.; Bruford, Mike W.; DeWoody, J. Andrew; Leroy, Gregoire; Strand, Alan; Waits, Lisette; Wang, Jinliang (2018-03-24). "Genetic and genomic monitoring with minimally invasive sampling methods". Evolutionary Applications. 11 (7): 1094–1119. doi:10.1111/eva.12600. ISSN 1752-4571. PMC 6050181 . PMID 30026800.
^ "Genetic monitoring as a promising tool for conservation and management". Trends in Ecology & Evolution (dalam bahasa Inggris). 22 (1): 25–33. 2007-01-01. doi:10.1016/j.tree.2006.08.009. ISSN 0169-5347.
^ Piggott, M. P.; Banks, S. C.; Stone, N.; Banffy, C.; Taylor, A. C. (2006). "Estimating population size of endangered brush-tailed rock-wallaby (Petrogale penicillata) colonies using faecal DNA". Molecular Ecology (dalam bahasa Inggris). 15 (1): 81–91. doi:10.1111/j.1365-294X.2005.02783.x. ISSN 1365-294X.
^ Schwartz, Michael K.; Pilgrim, Kristine L.; McKelvey, Kevin S.; Lindquist, Edward L.; Claar, James J.; Loch, Steve; Ruggiero, Leonard F. (2004-06). "Hybridization Between Canada Lynx and Bobcats: Genetic Results and Management Implications". Conservation Genetics. 5 (3): 349–355. doi:10.1023/b:coge.0000031141.47148.8b. ISSN 1566-0621.
^ HAIG, SUSAN M.; MULLINS, THOMAS D.; FORSMAN, ERIC D.; TRAIL, PEPPER W.; WENNERBERG, LIV (2004-10). "Genetic Identification of Spotted Owls, Barred Owls, and Their Hybrids: Legal Implications of Hybrid Identity". Conservation Biology. 18 (5): 1347–1357. doi:10.1111/j.1523-1739.2004.00206.x. ISSN 0888-8892.
^ Palm, Stefan (2003). "Effective population size and temporal genetic change in stream resident brown trout (Salmo trutta, L.)". Conservation Genetics. 4 (3): 249–264. doi:10.1023/A:1024064913094.

[1] "Genetic Monitoring". www.dar.emory.edu. Diakses tanggal 2021-09-08.

[2] Carroll, Emma L.; Bruford, Mike W.; DeWoody, J. Andrew; Leroy, Gregoire; Strand, Alan; Waits, Lisette; Wang, Jinliang (2018-03-24). "Genetic and genomic monitoring with minimally invasive sampling methods". Evolutionary Applications. 11 (7): 1094–1119. doi:10.1111/eva.12600. ISSN 1752-4571. PMC 6050181 . PMID 30026800.

[3] "Genetic monitoring as a promising tool for conservation and management". Trends in Ecology & Evolution (dalam bahasa Inggris). 22 (1): 25–33. 2007-01-01. doi:10.1016/j.tree.2006.08.009. ISSN 0169-5347.

[4] Piggott, M. P.; Banks, S. C.; Stone, N.; Banffy, C.; Taylor, A. C. (2006). "Estimating population size of endangered brush-tailed rock-wallaby (Petrogale penicillata) colonies using faecal DNA". Molecular Ecology (dalam bahasa Inggris). 15 (1): 81–91. doi:10.1111/j.1365-294X.2005.02783.x. ISSN 1365-294X.

[5] Schwartz, Michael K.; Pilgrim, Kristine L.; McKelvey, Kevin S.; Lindquist, Edward L.; Claar, James J.; Loch, Steve; Ruggiero, Leonard F. (2004-06). "Hybridization Between Canada Lynx and Bobcats: Genetic Results and Management Implications". Conservation Genetics. 5 (3): 349–355. doi:10.1023/b:coge.0000031141.47148.8b. ISSN 1566-0621.

[6] HAIG, SUSAN M.; MULLINS, THOMAS D.; FORSMAN, ERIC D.; TRAIL, PEPPER W.; WENNERBERG, LIV (2004-10). "Genetic Identification of Spotted Owls, Barred Owls, and Their Hybrids: Legal Implications of Hybrid Identity". Conservation Biology. 18 (5): 1347–1357. doi:10.1111/j.1523-1739.2004.00206.x. ISSN 0888-8892.

[7] Palm, Stefan (2003). "Effective population size and temporal genetic change in stream resident brown trout (Salmo trutta, L.)". Conservation Genetics. 4 (3): 249–264. doi:10.1023/A:1024064913094.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]