Desa Indrakila memiliki luas sekitar 336.591 hektar dan terletak pada ketinggian rata rata 478 meter di atas permukaan laut dari segi topografi. Desa Indrakila terletak di utara Gunung Ciremai dan menawarkan udara yang sejuk, pemandangan yang indah dan tanah yang subur.
Desa Indrakila memiliki sejarah yang bermula dari kisah Ciung Wanara yang mendirikan Pesanggrahan Pajajaran pada tahun 900-1400 Masehi. Dipimpin oleh Prabu Siliwangi, pesanggrahan tersebut kemudian dipindahkan ke Bogor karena kerajaan Pajajaran akan lenyap dan akan digantikan oleh Kerajaan Islam di Cirebon. Di Desa Indrakila Pajajaran, pernah ada seorang tokoh bernama Buyut Bungsu yang mengembangkan keahliannya dalam menenun dan kesenian reog dengan lagu terkenal Engko dan Silih Asih. Buyut Bungsu adalah seorang wanita yang sangat cantik yang membuat semua orang terpesona, terutama kaum laki-laki. Banyak yang ingin melamarnya dan berguru padanya, tetapi ia menolak karena tidak ingin bersuami. Dengan kekuatan magisnya, Buyut Bungsu mengubah wujudnya menjadi seorang laki-laki yang gagah dan tampan hingga akhir hayatnya pada tahun 1600 Masehi. Tempat tersebut kemudian dijadikan sebuah desa yang diberi nama Desa Indrakila Pajajaran. Batas wilayah desa ditentukan dengan cara membakar lahan. Desa Indrakila Pajajaran dipimpin oleh seorang tokoh bernama Mbah Buyut Dingklong pada tahun 1650 Masehi. Namun, terjadi perang saudara yang mengakibatkan terbunuhnya Mbah Buyut Dingklong. Setelah kematiannya, 40 tokoh berinisiatif mendirikan Kampung Pajajaran di sebelah timur Desa Indrakila Pajajaran. Kemudian, kampung tersebut berkembang menjadi sebuah desa yang diberi nama Desa Pajajar.
Saat ini, Desa Indrakila Pajajaran telah terbagi menjadi dua desa yaitu Desa Indrakila dan Desa Pajajar.