Dalam sejarah lembaga-lembaga yang termasuk Lembaga Pemerintah Nonkementerian (LPNK) telah beberapa kali mengalami perubahan. Dimulai dari perubahan nama, logo. Selain itu lembaga-lembaga ini mengalami perubahan posisi tanggung jawab (koordinasi), diantaranya pernah di bawah organisasi, departemen, kementerian sampai berdiri otonom sebagai Lembaga Pemerintah Nonkementerian.
Beberapa juga diantaranya pernah dibawah naungan pemerintah Hindia Belanda dan Pemerintah Kolonial Jepang sebelum tahun 1945. Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika (BMKG) merupakan lembaga yang paling banyak mengalami perubahan nama dari Magnetisch en Meteorologisch Observatorium hingga BMKG dan termasuk lembaga non-kementerian yang tertua.
^"Sejarah Lembaga ANRI". Arsip Nasional Republik Indonesia. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-03-20. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Arti Logo ANRI". Arsip Nasional Republik Indonesia. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-03-20. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah Bapeten". Badan Pengawas Tenaga Nuklir. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah BIG". Badan Informasi Geospasial — Integritas, Kolaborasi, Profesional, Kerja Cerdas, dan Adaptif. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-03-26. Diakses tanggal 17 Maret 2019.
^"Sejarah BMKG". Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah BNN". Badan Narkotika Nasional. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-04-28. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah Penempatan TKI Hingga BNP2TKI". Situs Resmi Badan Nasional Penempatan dan Perlindungan Tenaga Kerja Indonesia. 27 Februari 2011. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2015-04-08. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah Persandian". Badan Siber dan Sandi Negara. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-04-26. Diakses tanggal 16 Maret 2019.
^"Sejarah dan Latar Belakang LKPP". Website Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah. Tim Pengelola Website LKPP. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2019-05-27. Diakses tanggal 16 Maret 2019.