Varian Gamma SARS-CoV-2
![Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Gamma per 21 April 2021[1] Legenda: 1.000+ kasus terkonfirmasi 500–999 kasus terkonfirmasi 100–499 kasus terkonfirmasi 2–99 kasus terkonfirmasi 1 kasus terkonfirmasi Tidak ada atau tiada data](/wiki/Berkas:Lineage_P.1_sequences_by_country_as_of_21_April_2021.svg)
Legenda:
| Bagian dari seri artikel mengenai |
| Pandemi Covid-19 |
|---|
 |
|
 Portal COVID-19 |
Varian Gamma SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan P.1, 20J/501Y.V3, atau VOC-202101/02,[2] adalah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19.[3] Varian ini termasuk varian yang dianggap penting.
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Gamma bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[4] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).[5]
Penemuan
Varian ini pertama kali ditemukan oleh Institut Penyakit Menular Nasional (NIID) Jepang pada 6 Januari 2021 dalam empat orang yang tiba di Tokyo yang telah berkunjung ke Amazonas, Brazil, empat hari yang lalu.[6][7] Varian ini kemudian dinyatakan merebak di Brazil.[6] Yayasan Oswaldo Cruz yang dijalankan negara Brasil mengonfirmasikan keyakinannya bahwa varian tersebut telah menyebar di hutan hujan Amazon[8] dan telah beredar di sana sejak Juli 2020.[9]
Sifat
Transmisi
![[icon]](/wiki/Berkas:Wiki_letter_w_cropped.svg){kind=small} | Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Juli 2021) |
Pusat Penemuan, Diagnosis, Genomik, dan Epidemiologi Arbovirus (CADDE) mengeluarkan artikel jurnal tentang sampel yang dikumpulkan dari Manaus antara November 2020 dan Januari 2021. Penelitian ini menunjukkan bahwa varian ini (P.1) sekitar 2,0 kali lipat (1,7–2,4 kali lipat) lebih menular dan terbukti mampu menghindari sekitar 32 persen (21–46 persen) kekebalan dari infeksi koronavirus sebelumnya sehingga memungkinkan terjadi reinfeksi. Peningkatan juga tampak pada tingkat kematiannya. Varian ini sekitar 50 persen (20–90 persen) lebih mematikan.[10][11][12]
Mutasi
| Gen | Nukleotida | Asam amino |
|---|---|---|
| ORF1a | S1188L | |
| K1795Q | ||
| S3675hapus | ||
| G3676hapus | ||
| F3677hapus | ||
| ORF1b | P314L | |
| E1264D | ||
| Bulir | L18F | |
| T20N | ||
| P26S | ||
| D138Y | ||
| R190S | ||
| K417T | ||
| E484K | ||
| N501Y | ||
| D614G | ||
| H655Y | ||
| T1027I | ||
| V1176F | ||
| ORF3a | S253P | |
| ORF8 | E92K | |
| N | P80R | |
| R203K | ||
| G204R | ||
| Sumber: Faria dkk. (2021),[6] CoVariants[13] | ||
| Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[14] | ||
| Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Juli 2021) |
Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[15]
Varian ini terdiri dari 35 mutasi: 21 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, 1 mutasi sisipan, dan 10 mutasi bersinonim,[6] yaitu 25 mutasi yang mengubah protein dan 10 mutasi yang tidak berdampak.[16]
Efikasi vaksin
Seiring keberjalanan penelitian, kemampuan varian ini dalam menetralkan antibodi telah dievaluasi oleh ilmuwan dalam karya pracetak yang menunjukkan bahwa delapan orang yang telah diimunisasi oleh CoronaVac memiliki plasma darah yang kurang tanggap terhadap varian ini (P.1). Karena penelitian ini hanya memiliki partisipan sedikit, tidak dimungkinkan pembuatan kesimpulan statistik karena butuh lebih banyak partisipan.[17] Para ilmuwan dari MIT, Harvard, dan Cambridge serta paramedis rumah sakit di Boston membenarkan bahwa orang-orang yang telah divaksinasi dengan Pfizer–BioNTech atau Moderna mengalami penurunan neutralisasi secara signifikan terhadap P.1.[18]
Statistik
| Kasus per negara (diperbarui 26 Juli 2021) GISAID [19] | ||
|---|---|---|
| Negara | Kasus terkonfirmasi | Kasus terakhir yang dilaporkan |
| Amerika Serikat | 21.144 | 29 Juni 2021 |
| Brasil | 12.456 | 13 Juni 2021 |
| Kanada | 8.481 | |
| Belgia | 1,518 | 1 Juli 2021 |
| Meksiko | 1.285 | 24 Juni 2021 |
| Chili | 2.149 | 13 Juni 2021 |
| Spanyol | 786 | 26 Juni 2021 |
| Italia | 551 | 29 Juni 2021 |
| Belanda | 518 | 17 Juni 2021 |
| Kolombia | 316 | 1 Juni 2021 |
| Jerman | 312 | 22 Juni 2021 |
| Prancis | 289 | 23 Juni 2021 |
| Trinidad dan Tobago | 250 | 15 Juni 2021 |
| Argentina | 236 | 12 Mei 2021 |
| Guyana Prancis | 225 | 11 Juni 2021 |
| Inggris Raya | 200 | 23 Juni 2021 |
| Portugal | 176 | 23 Juni 2021 |
| Uruguay | 171 | 15 April 2021 |
| Swiss | 162 | 21 Juni 2021 |
| Aruba | 116 | 20 Juni 2021 |
| Jepang | 108 | 13 Juni 2021 |
| Suriname | 108 | 25 Mei 2021 |
| Swedia | 70 | 14 Juni 2021 |
| Paraguay | 53 | 4 Mei 2021 |
| Denmark | 49 | 29 Juni 2021 |
| Haiti | 47 | 20 Mei 2021 |
| Luksemburg | 47 | 21 Mei 2021 |
| Ekuador | 36 | 18 Juni 2021 |
| Kosta Rika | 32 | 21 Mei 2021 |
| Irlandia | 27 | 27 Mei 2021 |
| Peru | 25 | 22 Februari 2021 |
| Austria | 24 | 10 Juni 2021 |
| Malta | 24 | 21 Juni 2021 |
| Turki | 23 | 29 Maret 2021 |
| Bolivia | 17 | 2 Juni 2021 |
| Venezuela | 17 | 26 Mei 2021 |
| Republik Ceko | 13 | 9 Juni 2021 |
| Republik Dominika | 12 | 10 Juni 2021 |
| Israel | 11 | 16 Mei 2021 |
| Singapura | 8 | 11 Juni 2021 |
| Australia | 7 | 25 April 2021 |
| Selandia Baru | 7 | 31 Mei 2021 |
| Norwegia | 7 | 15 Juni 2021 |
| Polandia | 7 | 19 Juni 2021 |
| Kuwait | 6 | 19 Januari 2021 |
| Afrika Selatan | 6 | 28 Desember 2020 |
| Curacao | 6 | 28 Mei 2021 |
| Rumania | 6 | 25 Mei 2021 |
| Yordania | 5 | 28 April 2021 |
| Slovenia | 4 | 31 Mei 2021 |
| Taiwan | 4 | 28 Januari 2021 |
| Lituania | 3 | 31 Mei 2021 |
| Korea Selatan | 3 | 3 April 2021 |
| Cina | 2 | 17 April 2021 |
| Kroasia | 2 | 19 April 2021 |
| DR Kongo | 2 | 12 Februari 2021 |
| Finlandia | 2 | 23 Mei 2021 |
| Bangladesh | 1 | 18 Februari 2021 |
| Barbados | 1 | 22 Mei 2021 |
| Kepulauan Cayman | 1 | 17 Juni 2021 |
| Kepulauan Faroe | 1 | 12 Januari 2021 |
| Guam | 1 | 30 April 2021 |
| Guyana | 1 | 18 Januari 2021 |
| Filipina | 1 | 21 Februari 2021 |
| Puerto Riko | 1 | 9 Juni 2021 |
| Liberia | 1 | 20 Juni 2021 |
| Ghana | 1 | 15 April 2021 |
| Papua Nugini | 1 | 5-7 April 2021 |
| Arab Saudi | 1 | 31 Januari 2021 |
| Dunia (69 negara) | Jumlah: '51 557 ' | Total per 22 Juli 2021 |
Penyebaran
| Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. |
Per 4 Juli 2021, tidak ada kasus varian Gamma di Indonesia.
Lihat pula
Referensi
- ^ Global Report P.1 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 21 April 2021. Diakses tanggal 25 Juni 2021.
- ^ Public Health England (27 Februari 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 27 Februari 2021.
- ^ "Third concerning coronavirus variant should be a 'wake up call' to the world, experts warn". The Telegraph (dalam bahasa Inggris). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 17 Januari 2021.
- ^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Juni 2021.
- ^ Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021.
Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).
- ^ a b c d Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales (12 Januari 2021). "Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings". Virological (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 23 Januari 2021.
- ^ "Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil". Japan Today (dalam bahasa Inggris). Japan. 11 Januari 2021. Diakses tanggal 14 Januari 2021.
- ^ Tony Winterburn (13 Januari 2021). "Brazil Confirms The Circulation Of A New 'Amazon Rain Forest' Variant Of The Coronavirus". euroweeklynews.com (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 14 Januari 2021.
- ^ Michelle Roberts (12 April 2021). "What are the Brazil, South Africa and UK variants and will vaccines work?". BBC (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 15 Januari 2021.
- ^ Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia (3 Maret 2021). "Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.
- ^ Zimmer, Carl (1 Maret 2021). "Virus Variant in Brazil Infected Many Who Had Already Recovered From Covid-19 - The first detailed studies of the so-called P.1 variant show how it devastated a Brazilian city. Now scientists want to know what it will do elsewhere". The New York Times (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 3 Maret 2021.
- ^ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DS, Mishra S, et al. (21 Mei 2021). "Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil". Science (dalam bahasa Inggris). 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644
. ISSN 0036-8075.
- ^ "Variant: 20J (Gamma, V3)". CoVariants (dalam bahasa Inggris). 28 Juni 2021. Diakses tanggal 30 Juni 2021.
- ^ Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.
- ^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833.
- ^ Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.
- ^ Souza, William; Amorim, Mariene; Sesti-Costa, Renata; Coimbra, Lais; Toledo-Teixeira, Daniel (1 Maret 2021). "Levels of SARS-CoV-2 Lineage P.1 Neutralization by Antibodies Elicited after Natural Infection and Vaccination". The Lancet (dalam bahasa Inggris). doi:10.2139/ssrn.3793486. Diakses tanggal 3 Maret 2021.
- ^ Garcia-Beltran, Wilfredo F.; Lam, Evan C.; Denis, Kerri St.; Nitido, Adam D.; Garcia, Zeidy H.; Hauser, Blake M.; Feldman, Jared; Pavlovic, Maia N.; Gregory, David J.; Poznansky, Mark C.; Sigal, Alex; Schmidt, Aaron G.; Iafrate, A. John; Naranbhai, Vivek; Balazs, Alejandro B. (29 April 2021). "Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity". Cell (dalam bahasa Inggris). 184 (9): 2373–2383.e9. doi:10.1016/j.cell.2021.03.013 . Diakses tanggal 30 Juni 2021.
- ^ Templat:Web link
Pranala luar
- (Inggris) Laporan COG-UK tentang Mutasi Penting Bulir SARS-CoV-2 di Britania Raya
- (Inggris) Garis keturunan PANGO: Laporan Varian Baru - Laporan persebaran global garis keturunan P.1
- (Inggris) Pangkalan data pengurutan GISAID - Pelacakan varian Covid-19
